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Medizinphysiker kommen hauptsächlich im Bereich der Strahlentherapie, der Nuklearmedizin und der Radiologie zum Einsatz. Arbeitgeber sind dann zumeist Kliniken oder Krankenhäuser. Zu den Aufgaben der Medizinphysiker zählen zum Beispiel die Berechnung der korrekten Dosis bei onkologischen Therapien, die Installation und Wartung von radiologischen Geräten oder auch die Aufbewahrung und Entsorgung radioaktiver Materialien.
Es gibt aber auch in anderen Bereichen der Wirtschaft Stellenangebote für Medizinphysiker. So arbeiten sie an der Entwicklung medizinischer Großgeräte wie Tomographen, Lasersystemen oder Chirurgie-Robotern, und in Forschungseinrichtungen entwickeln Medizinphysiker in der Medizin-Nanotechnologie oder in der Lasermedizin neue Technologien und Verfahren.